Do nhiều nguyên nhân khác nhau, tiến độ xây dựng nhà máy bị chậm so với dự kiến. Trong giai đoạn liên doanh với Nga từ năm 1998 đến đầu năm 2003, mặc dù đã triển khai được 6/7 gói thầu của dự án, nhưng gói thầu quan trọng nhất (EPC 1) vẫn không thể ký kết được.

Ngày 12/2/2003, Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã thành lập Ban Quản lý dự án Nhà máy Lọc dầu Dung Quất, để tiếp tục triển khai dự án theo hình thức Việt Nam tự đầu tư.

Từ khi dự án trở lại hình thức tự đầu tư, Tổng công ty Dầu khí Việt Nam và BQL DA NMLD Dung Quất dưới sự chỉ đạo của Chính phủ mà trực tiếp là Ban chỉ đạo nhà nước các công trình trọng điểm về dầu khí, đã nỗ lực kiên trì giải quyết những vấn đề về thiết kế, công nghệ và tiến hành đàm phán, ký kết các hợp đồng chính của dự án.

Để đạt được những mục tiêu đã định, ngoài việc phải hiệu chỉnh công suất của 15/22 phân xưởng công nghệ và phụ trợ, nâng dung tích của các khu bể chứa, bố trí lại mặt bằng, tăng cường hệ thống điều khiển tiên tiến nhất, nhà máy đã được bổ sung hai phân xưởng công nghệ mới nhằm nâng cao chất lượng sản phẩm, loại bỏ xăng A83 và Diezel công nghiệp, giải quyết triệt để vấn đề kết nối giao diện giữa các gói thầu theo phân chia trước đây.

Quy mô của dự án: Với công suất 6,5 triệu tấn/năm, NMLD Dung Quất có tổng mức đầu tư của dự án được phê duyệt theo Quyết định 546/QĐ-TTg là 2,501 tỷ USD. Dự án được thực hiện với 5 gói thầu chính, đó là: Gói thầu EPC 1+4: các phân xưởng công nghệ, phao rót dầu một điểm neo, gói thầu 2+3 hệ thống đường ống và khu bể chứa dầu thô; hệ thống đường ống và khu bể chứa sản phẩm; gói thầu EPC 5A: Đê chắn sóng; gói thầu EPC 5B: Cảng xuất sản phẩm; gói thầu EPC 7: Khu nhà điều hành và dịch vụ.

Về hợp đồng EPC 1+4 & 2+3: Hợp đồng EPC 1+4  đã được ký kết vào ngày 17/5/2005 và có hiệu lực vào ngày 25/6/2005. Phụ lục hợp đồng thuộc gói thầu EPC 2+3 đã được ký kết vào ngày 24/8/2005 và có hiệu lực vào ngày 21/9/2005. Như vậy, 4 gói thầu quan trọng nhất của dự án đã được kết nối và giao cho một nhà thầu chính duy nhất là Tổ hợp Technip chịu trách nhiệm thiết kế, mua sắm, xây lắp, chạy thử và vận hành đồng bộ. Hiện nay, công tác thiết kế chi tiết của gói thầu EPC 1+4 đang được tiến hành tại 4 trung tâm thiết kế của nhà thầu ở nước ngoài, dưới sự giám sát chặt chẽ của chủ đầu tư và nhà thầu tư vấn PMC. Theo tiến độ, hợp đồng EPC 1+4 & 2+3 sẽ được hoàn thành vào đầu năm 2009.

Về hợp đồng EPC 5A: Sau khi tổ chức đấu thầu lựa chọn nhà thầu phụ, hợp đồng xử lý nền đất yếu đã được đàm phán và ký kết với Ballast Ham Dredging (Hà Lan). Nhà thầu đã hoàn thành công việc xử lý nền đất yếu vào giữa tháng 10/2005, đảm bảo chất lượng kỹ thuật và vượt tiến độ kế hoạch. Ngày 22/10/2005, gói thầu xử lý nền đất yếu của đê chắn sóng đã được nghiệm thu và bàn giao lại cho nhà thầu chính Lũng Lô để tiếp tục thi công đê chắn sóng. Gói thầu EPC 5A sẽ được hoàn thành vào cuối tháng 10/2007.

Về hợp đồng EPC 5B: Ban Quản lý DA đã đàm phán xong với nhà thầu để ký phụ lục sửa đổi Hợp đồng EPC 5B. Hoàn thành công tác đấu thầu và ký hợp đồng mua cọc ống thép. Từ ngày 1/10/2005, nhà thầu bắt đầu triển khai xây dựng nhà xưởng gia công cọc ống thép, bến tạm và phòng thí nghiệm phục vụ cho thi công. Ban Quản lý DA đang đàm phán hợp đồng công việc khoan và hạ cọc ống thép vào đá gốc. Dự kiến đầu tháng 1/2006 nhà thầu phụ sẽ hoàn tất công tác di chuyển thiết bị và bắt đầu triển khai thi công. Gói thầu EPC 5B sẽ được hoàn thành vào giữa năm 2007.

Về hợp đồng EPC 7: BQL DA đã đàm phán xong với nhà thầu COMA để ký lại phụ lục Hợp đồng EPC 7. Nhà thầu đã cơ bản hoàn thành phần thô các hạng mục xây dựng bao gồm nhà hành chính và hội trường, nhà bảo vệ số 1 và số 2, trung tâm y tế, trạm cứu hoả, cứu hộ, gara sửa chữa ôtô, nhà ăn/cửa hàng/giặt là, đường giao thông, sân bãi. Gói thầu EPC 7 sẽ được hoàn thành vào đầu năm 2007.

* Ngoài những gói thầu chính, Ban Quản lý DA tiếp tục đẩy mạnh công tác quản lý, giám sát chặt chẽ việc thực hiện các hợp đồng đã ký kết và các công trình xây dựng cơ bản, các hạng mục phụ trợ tại công trường. Khai thác có hiệu quả và đảm bảo an toàn đối với Bến số 1 - cảng Dung Quất. Kiện toàn công tác tổ chức cán bộ, tập trung xây dựng kế hoạch tuyển dụng và đào tạo tổng thể, kế hoạch chuẩn bị sản xuất; làm tốt các mặt công tác quản trị hành chính, văn thư lưu trữ và bảo vệ an ninh, an toàn cho dự án. Không ngừng củng cố và phát triển các mối quan hệ với địa phương, đẩy mạnh các hoạt động đền ơn đáp nghĩa, văn hoá - xã hội, thể dục - thể thao trong CBCNV.

...Trong giai đoạn xây dựng nhà máy, dự kiến phải sử dụng một lực lượng lớn lao động phổ thông và công nhân kỹ thuật lành nghề. Để tranh thủ được thời cơ và phát huy lợi thế, các cấp chính quyền địa phương cần có những chính sách kịp thời, nhằm chủ động chuẩn bị nguồn nhân lực cung cấp cho dự án. Khi nhà máy đi vào vận hành, số lượng chuyên gia, kỹ sư và công nhân dự kiến khoảng 800-1.000 người. Hiện nay số công nhân kỹ thuật dầu khí của Quảng Ngãi được đào tạo đã ra trường 3 - 4 năm nhưng chưa được sử dụng, vì tiến độ dự án chậm, vì vậy cần có kế hoạch đào tạo lại cho số công nhân này nhằm đáp ứng yêu cầu của nhà máy.

Quá trình xây dựng nhà máy đòi hỏi có một khối lượng lớn các dịch vụ hỗ trợ cơ bản, các dịch vụ này bao gồm từ khâu cung cấp vật liệu xây dựng, dịch vụ vận tải cho đến khâu đảm bảo dịch vụ đời sống, sinh hoạt, vui chơi, giải trí, tiêu dùng, y tế cho hàng vạn kỹ sư, chuyên gia và công nhân. Các cấp chính quyền cần chủ động tạo điều kiện hỗ trợ nhân dân tổ chức tốt các loại hình dịch vụ phục vụ quá trình xây dựng nhà máy, đem lại nguồn lợi cho nhân dân, góp phần tăng thu ngân sách địa phương.

Việc xây dựng và vận hành Nhà máy Lọc dầu Dung Quất sẽ tạo điều kiện thúc đẩy sự phát triển Khu Kinh tế Dung Quất thông qua các dự án đầu tư. Vì vậy cần tiếp tục đổi mới hệ thống chính sách thu hút đầu tư, tạo điều kiện kêu gọi các dự án về công nghiệp hoá chất, công nghiệp cơ khí, chế tạo và lắp ráp, đóng sửa tàu biển, luyện cán thép, điện tử, chế biến nông lâm sản, sản xuất vật liệu xây dựng, gia công chế biến sản phẩm, hàng tiêu dùng, công nghiệp nhẹ, vận tải, du lịch, hàng không, dịch vụ.

Sự ra đời của NMLD và Khu Kinh tế Dung Quất sẽ kéo theo việc hình thành khu đô thị mới Vạn Tường, với quy mô khoảng 12-15 vạn người. Do thay đổi cơ cấu dân số nên ngoài những mặt tích cực, sẽ xuất hiện những vấn đề xã hội trong đó không loại trừ các tội phạm và tệ nạn phổ biến hiện nay ở các đô thị. Mặt khác trong quá trình xây dựng nhà máy, số lượng nhân công có lúc lên đến hàng vạn người, trong đó có cả các chuyên gia và công nhân nước ngoài. Vì vậy công tác đảm bảo an ninh chính trị, trật tự và an toàn xã hội là một vấn đề lớn đặt ra cho các cấp chính quyền địa phương, chủ đầu tư cũng như các nhà thầu tham gia dự án...